V čele České asociace pedagogického výzkumu stojí výbor (volený na tříleté období). Výbor byl zvolen na členské schůzi v Ostravě dne 15. září 2020 a v současné době má toto složení:
doc. Mgr. Jana Poláchová Vašťatková, Ph.D. (předsedkyně)
Filozofická fakulta Univerzity Palackého v Olomouci (predseda@capv.cz)
PhDr. Martin Chvál, Ph.D. (místopředseda)
Pedagogická fakulta Univerzity Karlovy v Praze
doc. PhDr. RNDr. Hana Voňková, Ph.D. et Ph.D.
Pedagogická fakulta Univerzity Karlovy v Praze
Mgr. Roman Švaříček, Ph.D.
Filozofická fakulta Masarykovy univerzity v Brně
doc. Mgr. František Tůma, Ph.D.
Filozofická a Pedagogická fakulta Masarykovy univerzity v Brně
Revizorem ČAPV (od roku 2017) je Mgr. et Mgr. Jan Mareš, Ph.D. z Pedagogické fakulty Masarykovy univerzity v Brně
Tajemníkem ČAPV (od roku 2017) je Mgr. Vít Dočekal, Ph.D. z Filozofické fakulty Univerzity Palackého v Olomouci (tajemnik@capv.cz)