V čele České asociace pedagogického výzkumu stojí výbor (volený na tříleté období). Výbor byl zvolen na členské schůzi v Praze dne 2. listopadu 2023 a v současné době má toto složení:
doc. Mgr. Jana Poláchová Vašťatková, Ph.D. (předsedkyně)
Filozofická fakulta Univerzity Palackého v Olomouci (predseda@capv.cz)
Mgr. Andrea Rozkovcová, Ph.D. (místopředsedkyně)
Fakulta přírodovědně-humanitní a pedagogická v Liberci
Mgr. et Mgr. Jan Mareš, Ph.D.
Pedagogická fakulta Masarykovy univerzity v Brně
PhDr. Jakub Pivarč, Ph.D.
Pedagogická fakulta Univerzity Jana Evangelisty Purkyně v Ústí nad Labem
doc. PhDr. Vít Šťastný, Ph.D.
Pedagogická fakulta Univerzity Karlovy v Praze
Revizorem ČAPV (od roku 2023) je doc. Ing. et Bc. Stanislav Michek, Ph.D. z Pedagogické fakulty Univerzity Hradec Králové
Tajemníkem ČAPV (od roku 2025) je Petra Vnuková z Pedagogické fakulty Univerzity Karlovy (tajemnik@capv.cz)