Jednou z nejvýraznější aktivit ČAPV jsou pravidelné konference zaměřené na metodologii a výsledky pedagogického výzkumu u nás. Od roku 1992 byly pravidelně a bez přerušení organizovány celostátní konference, mnohdy i s významnou mezinárodní účastí výzkumníků ze zahraničí. Principem je rotace místa uspořádání, a to zpravidla na jedné z devíti českých pedagogických fakult nebo i na dalších pracovištích. Dává to předpoklad k širšímu zapojení různých akademických pracovišť a k efektivnějším kontaktům a komunikaci odborníků v oblasti pedagogického výzkumu. Ze všech zatím uspořádaných konferencí byly vždy vydány tištěné nebo elektronické sborníky příspěvků. Od roku 2000 je doprovodnou součástí konference též metodologický seminář pro studenty doktorského studia.
I. konference (1993) – Praha
Pedagogický výzkum a transformace české školy
II. konference (1994) – Ústí nad Labem
Učitel – jeho příprava a požadavky školské praxe
III. konference (1995) – Brno
Český pedagogický výzkum v současných společenských podmínkách
IV. konference (1996) – Olomouc
Pedagogická evaluace v podmínkách současné české školy
V. konference (1997) – Plzeň
Výchova a vzdělávání v českých zemích na prahu třetího tisíciletí
VI. konference (1998) – České Budějovice
4 samostatné sekce:
A) Metodologické problémy pedagogického výzkumu v současném období včetně výzkumu v oblasti metodiky výuky cizích jazyků.
B) Problematika doktorandského studia. Příprava nových vědeckých pracovníků v oblasti věd o výchově.
C) Současné poznatky o žákovské a studentské populaci.
D) Transformace české školy – vize a realita.
VII. konference (1999) – Hradec Králové
Poslední desetiletí v českém a zahraničním výzkumu
VIII. konference (2000) – Liberec
Pedagogický výzkum v České republice
IX. konference (2001) – Ostrava
Nové možnosti vzdělávání a pedagogický výzkum
X. konference (2002) – Praha
Výzkum školy a učitele
XI. konference (2003) – Brno
Sociální souvislosti výchovy a vzdělávání
XII. konference (2004) – Ústí nad Labem
Profese učitele a současná společnost
XIII. konference (2005) – Olomouc
Pedagogický výzkum: reflexe společenských potřeb a očekávání
XIV. konference (2006) – Plzeň
Současné metodologické přístupy a strategie pedagogického výzkumu
XV. konference (2007) – České Budějovice
Svět výchovy a vzdělávání v reflexi současného pedagogického výzkumu
XVI. konference (2008) – Hradec Králové
Pedagogický výzkum jako podpora proměny současné školy
XVII. konference (2009) – Ostrava
Český pedagogický výzkum v mezinárodním kontextu
XVIII. konference (2010) – Liberec
Kam směřuje současný pedagogický výzkum?
XIX. konference (2011) – Brno
Smíšený design v pedagogickém výzkumu
XX. konference (2012) – Praha
Kvalita ve vzdělávání
XXI. konference (2013) – Ústí nad Labem
Efektivita vzdělávání v proměnách společnosti
XXII. konference (2014) – Olomouc
Pedagogický výzkum – spojnice mezi teorií a praxí
XXIII. konference (2015) – Plzeň
Etické a sociální aspekty v oblasti vzdělávání a v pedagogickém výzkumu
XXIV. konference (2016) – České Budějovice
Síťování (networking) v pedagogickém výzkumu
XXV. konference (2017) – Hradec Králové
Vliv technologií v oblasti vzdělávání a v pedagogickém výzkumu
XXVI. konference (2018) – Zlín
Transdiciplinarita v pedagogických vědách
XXVII. konference (2019) – Liberec
Pedagogický výzkum, školní praxe a výzvy demokracie
XXVIII. konference (2020) – Ostrava
Rozmanitost podpory učení v teorii a výzkumu
XXIX. konference (2021) – Brno
Na cestě ke spravedlnosti ve vzdělávání: pedagogický výzkum pro lepší praxi a politiku
XXX. konference (2022) – Babice
Proměny výchovy a vzdělávání a jejich reflexe v pedagogickém výzkumu
Text plenární přednášky
XXXI. konference (2023) – Ústí nad Labem
Pedagogický výzkum a proměny vzdělávání
XXXII. konference (2024) – Praha
Spolupráce oborů pro podporu kvality vzdělávání
XXXIII. konference (2025) – Olomouc